Tras una primera entrega del especial en la que abordamos la evolución de los X-Men entre los años 60 y los 80, nuestro repaso llega a los 90. Entonces aparecen dos nuevos personajes: Gámbito, que ayudará a Tormenta a escapar de Nanny y a recuperar sus recuerdos, y Júbilo, una joven mutante con poderes pirotécnicos que ayudará a Lobezno de escapar del cautiverio al que es sometido, al volver de uno de sus viajes, por Los Cosechadores (legendaria es la portada de este episodio donde podemos ver a un Lobezno crucificado en una cruz de madera en forma de X). Ambos se escapan de Australia para refugiarse en Madripur, donde se encontraran a una Mariposa Mental muy cambiada. Conserva todos sus recuerdos pero su mente se encuentra en el cuerpo de una ninja asesina japonesa y es más poderosa que nunca.
Jim Lee toma el relevo de Silvestri y Claremont abandona la colección poco después, exactamente en el Uncanny X-Men nº 280 USA. Entonces, el equipo se separa en dos grupos: el azul, compuesto por Cíclope, Lobezno, Bestia, Picara, Mariposa Mental y Gámbito, que desarrollará sus aventuras en la nueva colección X-Men, y el dorado, integrado por Jean Grey, Tormenta, Coloso, Bishop, el Hombre de Hielo y Arcángel ( Forja, Júbilo y Banshee serán miembros reservistas de ambos grupos). En esa etapa surgen nuevos enemigos como Holocausto, Rey Sombra, Onslaught, Los Acólitos, Bestia Oscura, El Hombre de Azúcar o Bastión y nuevas grandes sagas como La Saga de la Isla Muir, donde Rey Sombra, poderoso telépata, se apodera de la Isla Muir. Asimismo, La Canción del Verdugo nos cuenta el intento de asesinato del Profesor-X por parte de un clon de Cable (venido del futuro y líder de Fuerza-X), creado para apartar al propio Cable del villano Apocalipsis en un futuro distante. La saga termina con la muerte del clon y del mismo Cable, liberando el virus Legado, que afectará sólo a los Homo Superior.
En Atracciones Fatales, Magneto se apodera de la nave que trajo del futuro a Cable, la renombra Avalon y la utliza como un paraíso mutante. Por su parte, Illyana Rasputin (la hermana pequeña de Coloso) muere, lo que hace que Coloso se una a Magneto. Este último utiliza sus poderes para apagar toda la energía eléctrica de la Tierra. Xavier y sus hombres atacan Avalon y Magneto casi aniquila a Cable (que realmente no había fallecido en la saga anterior) y arranca a Lobezno todo el adamantium que recubre sus huesos. Ante estos hechos, Xavier decide apagar la mente de Magneto, lo cual provoca el nacimiento de Onslaught. En El Pacto Phalanx se nos relata como, tras la muerte del Nuevo Mutante Warlock durante la X-Tincion Agenda, sus restos son comprados por unos científicos con el fin de conseguir la solución definitiva al problema mutante. Consiguen aislar un virus, llamado virus transmodal, que es capaz de absorber y convertir la materia orgánica en información computerizada. Así creen haber llegado a un nivel de evolución capaz de contrarrestar a los mutantes. Por desgracia lo que realmente consiguen es que los seres infectados con este tecnovirus se conviertan en una antigua raza de conquistadores galácticos, los Phalanx. Para detenerlos será necesario el sacrificio de una joven mutante teleportadora llamada Blink. Con el fin de la saga nacerá un nuevo grupo de jóvenes aspirantes a hombres-X llamado Generación X, que será instruido por Banshee y por una reformada Reina Blanca (Emma Frost), antigua acólita del Club Fuego Infernal y enemiga del grupo.
Por otro lado, en La Búsqueda de Legión se nos narra cómo el hijo de Xavier, Legión, viaja al pasado a intentar detener a Magneto antes de que este rompa el sueño de Xavier. Al final, para evitar ese ataque de Legión, el propio Xavier viaja al pasado, salta sobre ellos y muere. Al morir Xavier en lugar de Magneto se crea una paradoja temporal, ya que si Xavier muere su hijo Legión no nacerá y si Legión no nace, no podrá viajar al pasado para matar a Xavier. Llegamos a La Era de Apocalipsis, grandiosa saga que nos cuenta las consecuencias de la muerte de Xavier. Al morir este no pudo existir una Patrulla-X que combatiera al villano Apocalipsis. Así que este masacra a la raza humana a manos de su ejercito de Infinitos y de sus cuatro jinetes: Abismo, Mikhail Rasputin, Holocausto y Mr. Siniestro. En ese extraño presente alterno encontramos a X Man, Nate Grey, un Cable que nunca fue infectado por un virus tecnológico y también a Cíclope, Kaos y Bestia al servicio de Apocalipsis. Solo Magneto, con un grupo de supervivientes mutantes llamados X-Men (en honor del profesor Xavier, formado por El Hombre de Hielo, Tormenta, Dientes de Sable, Blink y Pícara, entre otros), intenta hacer frente al dictador. Magneto habla con Bishop y decide viajar al pasado para salvar a Xavier. Manda a Gámbito a conseguir una astilla del metal Mkraan, que se encuentra en el imperio Shi’ar. También manda a Coloso a buscar a su hermana Illyana para poder viajar con ella al pasado. Magneto se enfrenta a Apocalipsis, lo derrota y X Man mata a Holocausto clavándole esa astilla de metal. Consiguen evitar la muerte de Xavier en el pasado, que al mostrar la consecuencia de sus actos a su hijo Legión logra detenerlo pero no puede evitar su la muerte de su primogénito y de Bishop. Así termina la Era de Apocalipsis, que dejará a muchos de sus personajes en nuestro mundo.
Por su parte, en Onslaught asistimos al nacimiento de una segunda personalidad de Xavier. En el momento que apagó la mente a Magneto, bajó sus defensas psíquicas y la maldad del propio Magneto se introdujo en su mente, creando a Onslaught. Este, furioso y muy poderoso, trata de recrear el mundo de la Era de Apocalipsis y La Patrulla, junto a Los Vengadores y Los Cuatro Fantásticos, intentan detenerlo. Al final consiguen derrotarle gracias a un ataque de Hulk que destroza su armadura y al intelecto del Doctor Muerte. Desgraciadamente para conseguir eso es necesario el sacrificio de todos Los Vengadores y de Los Cuatro Fantásticos, quienes aparentemente mueren dejando a La Patrulla como asesinos a los ojos del mundo y más odiados y temidos que nunca.
Las consecuencias de esta saga se manifiestan cuando el Gobierno de Estados Unidos autoriza al villano Bastión a comenzar una cacería de mutantes. El Profesor-X es encarcelado y la Mansión-X tomada por el gobierno. Tras la derrota de Bastión, vuelven a unirse al grupo Coloso, Rondador Nocturno y Gata Sombra, el Profesor-X regresa con sus discípulos y Magneto reaparece tras una larga ausencia y consigue que le cedan el control de la isla de Genosha, de la que se nombra rey absoluto. El propio Magneto y los X-Men unen sus fuerzas para combatir nuevamente a Apocalisis, quien reta a los doce mutantes más poderosos para su ascenso. Finalmente Cable conseguirá derrotarle.
